La Fundación La Ruta Maya es la única organización privada en la región que busca recuperar objetos arqueológicos que hayan salido del país en décadas pasadas, con el propósito de repatriarlos a Guatemala. Las piezas también las recibe en donación, tanto a nivel nacional como internacional, por lo cual es ahora responsable de la custodia y manejo de más de 3,000 piezas arqueológicas, todas debidamente inscritas en el Registro de Bienes Culturales del Ministerio de Cultura y Deportes como patrimonio cultural de la Nación, cumpliendo así con la legislación vigente. 

La colección se mantiene con el propósito de custodia, protección, investigación y exhibición al público con fines educativos, haciéndola disponible a investigadores y estudiosos del tema.

La Ruta Maya también cuenta con una biblioteca de más de 8,000 publicaciones entre libros, revistas, catálogos de exposiciones, fotografías y DVD interactivos, así como una selección de libros infantiles. El acervo documental incluye temas de arqueología, antropología, arte prehispánico, epigrafía maya, historia del arte y naturaleza y biodiversidad.